《蔷薇少女》主要叙述男主角樱田纯，一名不愿上学而长期不出家门的中学生，热衷于上网购物，喜欢在购买物品后的退货限期内退回物品。有一天收到一封自称是人工精灵崛江的来信，上面只写一个「上发条还是不上发条」的选项，在好奇心驱使下选择了「上发条」，之后房间就出现了一个没有署名的神秘皮箱，里面装着一个非常美丽而且质感近似真人的少女人偶（ドール），使用木箱内的发条转动背部的开关后，人偶像有生命般的活动起来，向纯说：「我是真红，蔷薇少女第五人偶。」突然小丑布偶（漫画中则为小熊布偶，水银灯派出的）来袭，纯在万般无奈下在不明白怎么回事的情况下糊里糊涂地成为了真红的媒介，结下了主仆关系。之后，一个结下类似契约的人类和人偶出现在纯和真红面前，称为Rozen Maiden（蔷薇少女） 的人偶们的战斗就此展开了……